Windowsにて起動時、シャットダウン時に特定のプログラムを実行させる方法 をご紹介します。DOSで書かれたバッチファイルやVBScript等を設定することができます。
起動時に関してはスタートアップに登録すれば良いんじゃないか?とも思いますが、この方法ではプログラムに引数を渡すことができるので引数を使用する必要がある場合はこちらを使用するのが良いと思います。

ローカル グループ ポリシー エディター

「ローカル グループ ポリシー エディター」を使用します。Windows7標準機能で、ファイル名を指定して実行(Windowsキー+R)から”gpedit.msc”と入力して起動します。
gpedit1
「コンピュータの構成」→「Windowsの設定」→「スクリプト」を開くとスタートアップとシャットダウンが項目として現れますので起動時に実行した場合はスタートアップ、シャットダウン時に実行したい場合はシャットダウンから設定に入ります。
gpedit2
プロパティを開いたら追加を押します。
gpedit3
スクリプト名に実行したいプログラムのパスを入れます。プログラムに引数を渡したい場合はパラメータに引数を設定します。スクリプトを追加したら適用を押してOKするだけです。
注意事項としては、DOSバッチやVBScriptでパスを指定しないでファイル名だけでファイル生成したりするとカレントディレクトリがそれぞれ以下になります。(以下はWindows7です)

スタートアップ → C:\Windows\System32\GroupPolicy\Machine\Scripts\Startup
シャットダウン → C:\Windows\System32\GroupPolicy\Machine\Scripts\Shutdown

ファイルを出力するDOSバッチなどではフルパスで記述したほうが良いでしょう。